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兩岸學術界都認為他有以下重大建樹：一、傳統國學的學習和教學；二、個人修行境界的提升；三、有國家、民族大義理念，與知識分子應有的道德及使命；四、讓三教九流、不同學派、不同政黨的知識分子，都受他的學問道德所影響。
南懷瑾以一個民間關心民族大義的知識分子，由其弟子成立光華教育基金會，協助大陸南北數十所大學，培育社會人才。如北大、浙大光華學院。
南懷瑾的書是知識分子進入中國傳統文化領域的捷徑。他曾創辦東西方文化精華協會、美國東西方文化學院、加拿大中國文化書院、香港國際文教基金會。近年則致力提倡幼少兒童智力開發，推動讀經及中、英、算並重工作。又因黃河斷流、南水北調，倡立「參天水利資源工程研考會」。
其弟子透露，今年開始南懷瑾的眼睛看不清了，所以不太見客人，熟悉的弟子去見他，南就說可能是最後一次見面。這幾年他生活作息完全改變，白天睡覺，傍晚起來，晚上寫書、口述，處理事務，凌晨再入睡，只有晚餐時間可以接見少數弟子。
透過個人修行的成就，南懷瑾成功地影響了當代知識分子。他對國學的認識，和國學發展方向的啟迪，與對其弟子的影響，在過去廿年間，和佛教界的印順法師、新儒家的牟宗三，都有同等地位。
南懷瑾去年初，請秘書室回覆一封給弟子的信說，「大家都說向我求法，我也沒有認為自己開悟得道了，也沒有認為自己在弘揚佛法，也沒有所謂的山門，也不收弟子，幾十年都是如此」。他認為自己的著作中「論語別裁」是核心。若真相信因果，就要從自己起心動念處檢點，才是智者所為，也是修行核心。
李登輝主政初期，適逢兩岸接觸之始，透過南懷瑾的穿針引線，時任總統府秘書室主任的李登輝親信蘇志誠，在港台扮演密使角色，這段過程，後來經南口述弟子整理後披露，一度轟動兩岸政壇。
