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兩岸學術界都認為他有以下重大建樹:一、傳統國學的學習和教學;二、個人修行境界的提升;三、有國家、民族大義理念,與知識分子應有的道德及使命;四、讓三教九流、不同學派、不同政黨的知識分子,都受他的學問道德所影響。
南懷瑾以一個民間關心民族大義的知識分子,由其弟子成立光華教育基金會,協助大陸南北數十所大學,培育社會人才。如北大、浙大光華學院。
南懷瑾的書是知識分子進入中國傳統文化領域的捷徑。他曾創辦東西方文化精華協會、美國東西方文化學院、加拿大中國文化書院、香港國際文教基金會。近年則致力提倡幼少兒童智力開發,推動讀經及中、英、算並重工作。又因黃河斷流、南水北調,倡立「參天水利資源工程研考會」。
其弟子透露,今年開始南懷瑾的眼睛看不清了,所以不太見客人,熟悉的弟子去見他,南就說可能是最後一次見面。這幾年他生活作息完全改變,白天睡覺,傍晚起來,晚上寫書、口述,處理事務,凌晨再入睡,只有晚餐時間可以接見少數弟子。
透過個人修行的成就,南懷瑾成功地影響了當代知識分子。他對國學的認識,和國學發展方向的啟迪,與對其弟子的影響,在過去廿年間,和佛教界的印順法師、新儒家的牟宗三,都有同等地位。
南懷瑾去年初,請秘書室回覆一封給弟子的信說,「大家都說向我求法,我也沒有認為自己開悟得道了,也沒有認為自己在弘揚佛法,也沒有所謂的山門,也不收弟子,幾十年都是如此」。他認為自己的著作中「論語別裁」是核心。若真相信因果,就要從自己起心動念處檢點,才是智者所為,也是修行核心。
李登輝主政初期,適逢兩岸接觸之始,透過南懷瑾的穿針引線,時任總統府秘書室主任的李登輝親信蘇志誠,在港台扮演密使角色,這段過程,後來經南口述弟子整理後披露,一度轟動兩岸政壇。